Tam otomatik santrifüjler, uygulama ve tasarımlarına göre aşağıdakiler de dahil olmak üzere çeşitli tiplere ayrılabilir:
Endüstriyel santrifüjler: Kimya, gıda ve çevre koruma gibi endüstrilerde, atık su arıtımında çamur susuzlaştırma ve meyve suyu arıtımı gibi uygulamalar için kullanılır.
Laboratuvar santrifüjleri: Kan ayırma ve hücre kültürü gibi uygulamalar için bilimsel araştırma ve tıbbi testlerde kullanılır.
Masaüstü santrifüjler: Boyutları daha küçüktür, küçük laboratuvarlar veya öğretim amaçlı kullanıma uygundur.
Her santrifüj tipinin farklı bir tasarım odağı vardır. Endüstriyel santrifüjler genellikle verim ve dayanıklılığa öncelik verirken laboratuvar santrifüjleri hassasiyet ve ayarlanabilirliğe önem verir.